Ayvalık kiliseleri ile her yıl birçok yerli ve yabancı tatilcinin ilgisini çekmektedir. Ayvalık daha çok yaz aylarında, deniz ve güneş turizmi için tercih edilse de kiliseleri ve tarihi dokusu ile de dikkat çekmektedir.
Ayvalık’taki kiliselerin bazıları günümüze kadar gelmeyi başarsa da bazıları zamanın ve doğanın acımasızlığına direnememiştir. Günümüze kadar gelmeyi başarmış olan bazı Ayvalık kiliseleri günümüzde restore edilerek şimdilerde cami olarak kullanılmaktadır. Günümüzde ayakta kalan en önemli kiliseler arasında Taksiyarhis Kilisesi ve Faneromeni (Ayazma) kiliseleri gösterilmektedir.
Taksiyarhis Kilisesi: Ayvalık merkezde olup yapının duvarında yer alan bir kitabeden 1844 yılında yapıldığı anlaşılmaktadır. Kilise eğimli bir tepenin düzleştirilip doldurulmasıyla yapılmış. Önündeki yola göre biraz daha yüksekte kalan kilisenin avlusuna iki sütunla taşınan yedi basamaklı kemerli bir giriş kapısından girilmektedir. Kapı üzerinde çan kulesi bulunmaktaydı. Fakat çan kulesi günümüzde mevcut değildir. Yapının kapı sütunlarında ve merdiven basamaklarında sarımsak taşı kullanılmıştır. Bahçe giriş kapıları demirden olup orijinal kapılardır. Kiliseye giriş kapıları daha sonradan değiştirilmiştir. Taksiyarhis Kilisesi uzun yıllar Tekel deposu olarak kullanılmış olup daha sonra Anıtlar Yüksek Kurulu kararı ile boşaltılarak koruma altına alınmıştır. Her ne kadar doğal ve insani tahribata uğramış olsa da ilçede en iyi korunmuş kilisedir.
Hagia Triada Kilisesi: Ayvalık merkezinde bulunan kilise düz zeminde geniş bir alan üzerine uzunlamasına dikdörtgen planlı düz çatı tipinde inşa edilmiştir. Kentteki kiliseler içerisinde en yüksek dördüncü kilisedir. Yapının dışında sol tarafında kilise çeşmesi bulunmaktadır. Kilise uzun yıllar Tekel tarafından depo olarak kullanıldığından iç kısmında işlevsel veya mimari özelliklerine ait kalan birkaç küçük iz okunabilse bile asıl öğeler tamamen tahrip olmuştur. Kilisenin iç kolonlarındaki çatlamalar ve dökülmeler, ikinci katın merdiven ve zeminindeki kırılmalar, çatı kısmındaki çökmeler ve yağan her yağmurun içeriye akması kilisenin ayakta kalmasını zorlaştırmaktadır.
Faneromeni Kilisesi veya Ayazma Kilisesi: Her iki ismi ile de bilinen bu tarihi yapı binalar arasında kaybolmuş. Kilisenin adı ise yapı içerisinde bulunan suyun kutsal kabul edildiğinden, ’Kutsal su’ anlamına gelen Ayazma Kilisesi veya Faneromeni Kilisesi denilmiştir.
Portaitissa Kilisesi: Izgara planlı doku özelliği taşıyan kilise Ayvalık merkezdedir. Portaitissa Kilisesi, taban alanı ve yükseklik olarak Ayvalık’ın en küçük kilisesidir.
Profitis İlias Kilisesi:Ayvalık’ın en yüksek tepesine 1835 yılında inşa edilmiş olan kilise 1944 depreminde ciddi şekilde tahribata uğramıştır. İkinci Dünya savaşı sırasında tehlike anında halka tehlikeyi haber vermek için Alibey Adası’ndaki Panayia Kilisesi’nin çanı 1936 yılında bu kilisenin çan kulesine yerleştirilmiştir. Çan daha sonra buradan alınarak Bergama Müzesi’nin bahçesinde koruma altına alınmıştır. 1952 yılında çan kulesi yıkılan tarihi kilise koruma altına alınmadığı için zamana dayanamayıp yıkılmıştır. Kilisenin yıkılmasından yıllar sonra yerine Ali Çetinkaya İlk Kurşun Rehabilitasyon Merkezi inşa edilmiştir.
Hagios Nikolaos Rum Ortodosk Kilisesi, Hagios Dimitrios, Messi Panayia kiliseleri de günümüze kadar gelememiş ve haklarında çok az bilgiye erişilmektedir. Ayrıca bu kiliseler tamamen yıkılmış olduklarından üzerlerine başka binalar inşa edilmiş yapılardır.