Kapı Ağa Medresesi, Amasya Merkez’de Bahçeleriçi Mahallesi, Zübeyde Hanım caddesinde yer almaktadır. Tarihi Kapı Ağası Medresesi diğer adıyla Büyük Ağa Medresesi; 1488 yılında Osmanlı padişahlarından Sultan II. Bayezid’in Kapı Ağası Hüseyin Ağa tarafından yaptırılmıştır. Bu tarihi medresenin planı o zamana kadar yapılmış olan klasik Osmanlı medreselerine göre farklılık göstermektedir. Bu farklılık en çok Selçuklu mezar anıtlarında görülen sekizgen plan şemasının ilk kez bu medresede uygulanarak yapılmış olmasıdır. Kuzeybatı kenarında bulunan büyük yay kemerli kapı, Kapı Ağa Medresesi’nin girişidir. Giriş kapısının hemen ardında her iki yanında dikdörtgen nişlerin yer aldığı küçük bir dehliz yer alır. Medresenin ortasında bulunan sekizgen avlunun etrafı, her kenarda bulunan dörder sütun ve bu sütunlar üzerine oturan sivri kemerli revaklarla çevrelenmiştir. Bursa kemeri olarak adlandırılan tarzda yapılmış bu kemer yapısı, medresenin iç mimarisini ve estetiğini daha da arttırarak dikkat çekici bir hale sokmuştur. Üzerleri tonozlu bu revaklardan öğrenci odalarına geçiş vardır. Dikdörtgen mermer çerçeveli birer pencere ile dışarıya açılan öğrenci odalarının üstleri sekizgen kasnaklı kubbelerle örtülüdür. Medresenin güney kenarında öğrenci odalarından daha büyük ve daha yüksek bir kubbeyle örtülü, aynı zamanda mescid olarak da kullanılan dershane bölümü yer alır. Medresenin duvar örgüsünde moloz taş ve tuğla birlikte kullanılmıştır. Yatay şeritler halinde üçer sıra tuğla örgülerin arası moloz taş malzemeyle doldurulmuştur. Kapı Ağa Medresesi, aktif olarak kullanılan zamanlarında Amasya’da en yüksek derecede eğitimin ve öğretimin yapıldığı binadır. Altmışlı Medreseler grubundan olan bu medresede, en bilineni Taşköprülüzade Mustafa Müslihiddin Efendi olmak üzere birçok ilim insanı müderrislik görevini üstlenmiştir. Osmanlı İmparatorluğunun çöküşe başladığı 19. yy. sonlarında bu ünlü medrese eski canlılığını ve etkisini yitirmeye başlamıştır. Savaş dönemi ve imparatorluğun yıkılışı ile medrese boş kalarak kullanılmamıştır. Zamanın ve deprem gibi doğal afetlerin yıkıcı etkisine maruz kalan tarihi yapı 1970’lere kadar harap durumda kalmıştır. 1978 yılında medresede yapılan restorasyon çalışmaları ile tarihi bina bugünkü haline ve canlılığına yeniden kavuşmuştur.