Liman lokantası, 1947 yılında İktisat Bakanlığı ve İstanbul Liman İşletmelerinin açtığı bir yarışma sonucunda yerli ve yabancı 21 proje arasından seçilen bir mimari projeyle yapılmış. Mekanın ilk işletmecisi Şebinkarahisarlı Hüseyin Beydir.
1953 yılında Denizcilik bankası’ nın işletmesine geçen Liman Lokantası’ nın başına, Atatürk’ ün şefliğini uzun yıllar yapmış olan Silvian Fontana getirilmiş. Fontana, 1953-1968 yılları arasında buranın şefliğini yapmış ve bu zaman dilimi içerisinde Türkiye’ de ilk defa batılı anlamda modern servisi oturtmuş. Geçmişte birçok ünlünün de uğrak yeriymiş Liman Lokantası.
Ressam İbrahim Çallı, edebiyatçı Yahya Kemal Beyatlı rakılarını yudumlarken, İstanbul Boğazı’ nın inanılmaz güzellikteki manzarasının keyfini çıkarmışlar. Bir dönem İstanbul’ un tanınmış ailelerinin , nişan ve düğün törenleri içinde tercih ettikleri Liman Lokantası’ nın iç dekorasyonu 1997 yılında baştan sona yenilendi. 1997’ den bu güne kadar Çapa Grup tarafından işletilmektedir.