Adını Yunan prensi Eneyaz'dan alan Enez, eski çağlarda Yunanlılar tarafından kurulmuştur. Büyük İskender İmparatorluğu zamanında gelişip büyüyen kent, Roma İmparatorluğu zamanında ise zengin bir liman kentine dönüşmüştür. Orta çağda, Bizans İmparatorluğu'na bağlı olan Enez, bir Bizans Prensesinin çeyizi olarak Cenevizlilere verilir. 1456 yılında Osmanlı topraklarına katılan, 19.
yy'da iki kez Rusların, 1. Balkan Savaşı'ndan sonra Bulgarların, 1. Dünya Savaşı sonrasında ise Yunanlıların eline geçen Enez, 23 Kasım 1922'de kurtarılır. 1926'dan 1953'e kadar Keşan'ın bir bucağı olan Enez, 1953'de ilçe olmuştur.